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看到魏大中这般斩金截铁的回答，朱由校不由大喜，他就需要魏大中这种不畏权贵之人，于是当即嘱咐道：
“好，好的很，魏大中，朕没有看错你。朕命你为钦差大臣，携王命旗牌前往河南，清查藩王不福王强买强买一事，不可冤枉一个好人，也绝不可冤枉一个坏人。”
（以下为大纲式结尾）
魏大中等人当即领命而去，随后卢象升入乾清宫觐见，朱由校鉴于他的功劳，当即任命他为顺天府府尹，张国维为天津府府丞。
天启四年十月，孙元化率使团返回大明，并成功带来了伽利略等人。朱由校见状派使者迎接，并于紫禁城亲自接见伽利略，随后任命他在国子监教授，主要教授西学，并且把京师同文馆并入国子监，让伽利略统领其事。
天启四年十二月，从美洲探险船只返回，再加上孙元化使团、颜思齐在日本等事，大明出海之风大胜。
天启五年三月，颜思齐第一次打退九州藩主兵力合围。
天启五年六月，颜思齐第二次打退兵力合围，但此时江户幕府已集结重兵，准备讨伐颜思齐，而岳讬等人就在其中，为日本效命。颜思齐遂向大明求援。
天启五年八月，朱由校商议，从辽东、海西营选拔女真罪兵，前往日本，受雇于颜思齐抵抗日本幕府。随后日本幕府进攻萨摩藩，颜思齐据城而守，战况激烈，就在危急关头南直隶水师出现在鹿儿岛水面，炮击幕府兵马，江户幕府大骇，被迫与颜思齐签订盟约。
天启五年十月，女真罪兵抵达鹿儿岛。
天启六年三月，魏大中查清福王府人杀人、放贷、强买强卖等事，朱由校闻之大怒，剥夺福王三万田土，以及种种特权，福王被迫自陈其罪。
天启六年五月，公开宗室条例，加强宗室考核、放松底层宗室限制，废除世袭罔替。
天启七年，颜思齐进攻九州藩，第一次九州大战开启。同年，朱由校全力备荒，但有余之前准备充分，虽有饥荒但没有发生历史上那般起义。
天启八年，颜思齐攻下肥后藩，江湖幕府再次讨伐，第二次九州大战开启。朱由校加快运输移民，向颜思齐提供人力。
天启九年，陕北连年大旱，发生零星起义，朱由校命洪承畴为陕西巡抚，卢象升为陕西三边总督，总领其事，鼓励西北移民东北、日本、台湾。
天启十年——十二年，起义此起彼伏，但均被镇压。但这也无形中加快流民迁移的步伐。颜思齐在九州连年征战，统一九州，导致日本九州民不聊生，但越来越多的明人至此，让其的压力更大。
天启十五年，颜思齐病死，九州大乱，幕府再次进攻九州，颜思齐手下兄弟纷纷自立，最后有人邀请朝廷大军进驻九州，于是朱由校派遣进去。
天启十八年，西北连年大旱，寸草不生，起义不断。朱由校一边镇压，一边移民，一边纠集，让其封锁在陕西境内，没有益处。
